서울대 경영학과를 졸업하고, 총신대 신학대학원(M.Div.)과 미국 고든 콘웰신학대학원(Th.M.)을 거쳐 보스턴대학교, 미국 트리니티복음주의 신학대학원 (Ph.D.)에서 사회윤리와 조직 신학을 공부했다.
웨스트민스터 신학대학원대학교에서 겸임교수/연구교수, 성서한국 이사장으로 「복음과 상황」 발행인으로 섬긴 바 있다. 지금은 한국교회를 향한 새로운 신학적 대안을 제시하는 하나님나라 운동의 일환으로 기독연구원 느헤미야의 원장과 성서한국 이사로 세상 속에서 그리스도인으로서의 삶에 참여하고 있다.
김형원 목사는 2003년 서울 서대문구에서 하.나.의.교회를 시작하였고, 교회는 ‘총체적 삶의 공동체’여야 한다는 성경의 가르침을, 교인들과 함께 남가좌동에서 지역공동체를 이루면서 실천하고 있다.
지은 책으로는『기독교신학의 숲 1』, 『기독교신학의 숲 2』, 『교회는 어떤 공동체인가?』, 『소명, 그 거룩한 일상』, 『정치하는 그리스도인』, 『행복한 크리스천:일상을 기쁨으로 채우는 35가지 묵상』이, 공저로 『한국교회 설교, 무엇이 문제인가?』, 『권력과 맘몬에 물든 한국교회』, 『안식일이냐 주일이냐?』, 『정치하는 교회, 투표하는 그리스도인』이 있고 『탐욕의 복음을 버려라』, 『진게츠의 직분론』, 『멈출 수 없는 하나님의 운동력』, 『미래를 담는 교회』를 번역했다.