영남대학교를 졸업하고(B.A.), 장로회신학대학교에서 신학공부를 시작했다.(M.Div.) 영국 에든버러대학교(University of Edinburgh)에서 석사과정을 마쳤고(Th.M.), 에든버러대학교에서 현대 그리스도론으로 박사학위를 받았다.(Ph.D.) 현재 영남신학대학교에서 조직신학 교수로 재직 중이다.
그는 현대신학, 그리스도론, 성령론, 신학의 미래, 신앙과 역사 등에 관심을 가지고 있다. 또한 역사 속에서 신학과 교회의 역할이 무엇인지에 대해 고심하며, 한국교회를 새롭게 할 대안 제시를 평생의 과제로 여긴다. 특히 좋은 제자를 양성해 하나님 나라를 위해 기여하는 것이 그의 꿈이다. 지금은 아신신학연구소(http://astsi.org)를 중심으로 ‘성경 중심’, ‘개혁신학’, ‘예언자적 정신’이라는 세 가지 지표를 가지고 신학운동을 전개하고 있다.
짓거나 펴낸 책으로는 『예수: 불트만에서 제3세계까지』, 『그리스도론의 미래』, 『그리스도론의 역사: 고대 교부에서 현대 신학자까지』, 『예수: 선포와 독특성』, 『그리스도는 누구인가?: 시대가 묻고 신학이 답하다』, 『김동건의 신학이야기: 모든 사람에게』, 『빛, 색깔, 공기: 우리가 죽음을 대할 때』, 『신학이 있는 묵상』 시리즈, 『현대인을 위한 신학강의』, 『현대신학의 흐름: 계시와 응답』(I), 『신학이란 무엇인가』, 『21세기 신학의 과제』, 『신학의 전망: 21세기를 맞으며』, 『루터를 생각하며: 루터와 시대정신』 등이 있고, 옮긴 책으로는 『자연신학: 에밀 브루너의 자연과 은혜와 칼 바르트의 아니오!』, 『신학과 정치』, 『복음서와 예수』, 『이사야』 등이 있다.