정형외과 전문의로 한양의대 정형외과를 졸업하고, 미국 존스홉킨스·피츠버그병원·하버드의대에서 인공관절과 스포츠의학, 줄기세포치료, 유전자치료 등의 선진의료기술을 배워 2001년 서울 역삼동에 선한목자병원을 개원해 병원장으로 일하고 있다. 또한 한양의대 및 성균관의대에서 외래교수를 역임했다.
2004년 굳셰퍼드재단을 설립, 13개국에 16개의 무료진료소를 운영하고, 서울역 노숙인 진료 및 지방의 오지를 매월 방문해 ‘찾아가는 건강상담’을 진행하는 등 국내외 의료봉사에 매진하고 있다. 이러한 공로로 제31회 보령의료봉사상을 수상했다.
몸과 마음을 통해 삶의 지혜와 영성을 탐구하는 작가로서 그동안의 의료봉사여정을 담은 『건너와서 우리를 도우라』(2015)와 몸과 성경의 연결고리를 해석하는 『바디 바이블』(2018), 『마인드 바이블』(2020) 등의 책을 펴냈으며, 2017년 CTS기독교TV <4인4색>에서 강연을 했고, 2018년 4월부터 극동방송 <이창우 박사의 몸묵상>을 진행하고 있다.