1988년 주님의교회 개척. 10년 임기를 마치고 1998년부터 스위스 제네바한인교회를 3년간 섬겼다. 2005년 7월 10일부터 한국기독교선교100주년기념교회 담임목회자로 사역을 시작했다. 2013년 4월 전립선암 판정을 받아 그해 5월 수술을 받고 10월에 강단에 복귀했다. 2018년 11월 18일 은퇴했다.
지금까지 쓴 책으로 《청년아, 울더라도 뿌려야 한다》, 《회복의 신앙》, 《회복의 목회》, 《사랑의 초대》, 대담집 《지성과 영성의 만남》(이어령 공저, 이상 전자책도 출간), 《새신자반》, 《성숙자반》, 《사명자반》, 《인간의 일생》, 《비전의 사람》, 《내게 있는 것》, 《참으로 신실하게》, 《매듭짓기》(이상 전자책과 오디오북도 출간), 《믿음의 글들, 나의 고백》, 《아이에게 배우는 아빠》, 《말씀, 그리고 사색과 결단 1, 2》, 《목사, 그리고 목사직》, 요한복음 설교집 〈요한과 더불어〉(전10권), 로마서 설교집〈이재철 목사의 로마서〉(전3권), 사도행전 설교집 〈사도행전 속으로〉(전15권), 단편 설교 시리즈 〈이재철 목사 메시지〉(출간 중)가 있다. 이 책들은 사변적이고 이론적인 내용에 치우치지 않고 기독교 진리를 끊임없이 삶과 관련지어 ‘지성과 신앙과 삶’의 조화를 꾀한다. 또한 본질에 대한 깨달음과 실천을 강조하며 풀어내는 명료한 논리와 특유의 문체로 많은 독자들에게 사랑받고 있다. 《새신자반》은 몽골어와 베트남어로, 《청년아, 울더라도 뿌려야 한다》와 《비전의 사람》은 중국어로 번역되어 현지 교회의 선교 사역에도 쓰이고 있다.