1938년, 경남 함안에서 태어났다. 서울대학교 사학과와 동대학원(문학박사)을 졸업했고, 합동신학교에서 신학을 공부했다. 1970년부터 2003년까지 숙명여대에서 한국사학과 교수로 있었으며, 1981년부터 몇 년간 미국 프린스턴 신학교 방문교수 자격으로 한국교회사 자료를 수집했다.
문화재위원회 근대분과 위원장, 독립기념관 한국독립운동사연구소 소장, 「복음과상황」 공동발행인, 친일인명사전편찬위원회 위원장(초대), 한국사학회·한국사학사학회·도산학회 회장, 독립유공자 공적심사위원장, 남북나눔운동 연구위원장, 한국기독교역사연구소 소장 및 이사장, 외국인 근로자를 위한 희년선교회 대표, 함석헌학회 회장, 김교신선생기념사업회 회장, 국사편찬위원회 위원장 등을 역임했으며, 현재 숙명여대 명예교수·남북역사문화교류협회 이사장·상지학원 이사장으로 있다.
연구서로 『한국사 대요』, 『삼국시대사 강좌』, 『한국문화론 특강』, 『한국 근대 역사학의 이해』, 『단재 신채호의 역사학 연구』, 『우리 역사 5천 년을 어떻게 볼 것인가』, 『한국 근현대 역사학의 흐름』, 『역사, 중심은 나다』, 『한국기독교와 역사의식』, 『한국기독교와 민족의식』, 『대한성서공회사 I, II』(공저), 『한국기독교 수용사 연구』, 『한국기독교와 민족통일운동』, 『한국기독교 의료사』, 여행기로 『이만열 교수의 민족·통일 여행일기』, 『이만열 교수의 기독교 유적 여행일기』와 산문집으로 『감히 말하는 자가 없었다』, 『잊히지 않는 것과 잊을 수 없는 것』 등이 있다.