이 책에서 주장하는 2가지는 이렇다. 어떤 증거든 중요하지 않은 증거는 없으며, 어떤 견해를 지지할 때는 가능한 모든 분야의 증거를 통해 그 견해가 내적 일관성이 있어야 하며 논리적으로 방어할 수 있는 관점이어야 한다는 점이 중요하다. 이 두 주장을 경험적 증거를 근거로 들면서 과학적으로 설명할 수는 없다. 가치에 대한 다른 주장처럼 이 두 주장도 비경험적(nonempirical) 범주에 속한다. 어떤 증거도 중요하지 않은 것이 없다는 주장은 어느 누구도 모든 영역에서 전문가가 될 수는 없다는 사실과 상통하며, 가능한 정확한 증거를 제공하고자 최선을 다하는 각 영역의 전문가들을 우리가 믿어야 한다는 뜻이다. 따라서 우리는 그들이 제시하는 증거를 중요하지 않다고 여기고서 무시하지 말고 반드시 다뤄야 한다. 비록 우리에게 익숙한 다른 영역의 증거를 고려할 때 그들이 제시하는 추론이 부정확하거나 불완전하게 느껴지더라도 말이다. (1장_세계관, 철학과 과학) 
오랫동안 기원 논쟁을 유심히 지켜본 사람들은 자연주의적 진화와 젊은 지구 창조(young-earth creation: 이하 YEC)라는 양극단 사이에 있는 2가지 중간 견해, 즉 유신 진화(theistic evolution: 이하 TE)와 오래된 지구 창조(old-earth creation: 이하 OEC)를 알고 있을 것이다. 그러나 유신 진화 내에서도 성경의 증거와 경험적 증거를 두고 매우 넓은 범위의 다양한 해석이 존재한다. 그래서 나는 몇 가지 구별되는 특징을 근거로 유신 진화를 다음과 같은 세 모델로 나누자고 제안한다. 그들은 각각 비목적론적 진화(non-teleological evolution: 이하 NTE), 계획된 진화(planned evolution: 이하 PE), 그리고 인도된 진화(directed evolution: DE)다. 혹자는 더 많은 모델로, 다른 누군가는 더 적은 모델로 나누어야 한다고 주장할 것이다. 이는 생물학에서 종(species)의 이름을 붙일 때와 같은 성격의 문제다. 과연 얼마나 달라야 새로운 종으로 불릴 수 있는가? 예컨대 과일 등급을 나눌 때도 마찬가지다. 중요한 특징을 구분하기 위해 과일의 크기나 품질에 대해 얼마나 많은 종류의 분류가 필요한가? 등급을 너무 많이 세분화하면 제대로 다 이해하기 어렵다. (이것은 기원 논의도 마찬가지다.) 특정 저자들을 한 범주로 묶는 것은 그들이 모든 측면에 서로 동의한다는 뜻이 아니라 다른 모델들과 구별하기에 충분할 정도로 공통된 특징을 보인다는 뜻일 뿐임을 유념하자. (2장_모델의 범위) 
특정화된 복잡성 개념도 비슷하게 조롱받는다. 근본 이유는 이렇다. 우리는 생명이 어떻게 만들어졌는지를 알고 싶은데, 이 주제는 과학적인 질문이다. 여기서 “과학적인”이란 말의 정의는 그 질문에 대한 대답이 자연주의적인 설명이어야 한다는 뜻이다. 특정화된 복잡성 개념에서 “특정화”란 말에는 지성을 지닌 신이라는 존재가 있음을 명백히 함축하고 있고, 따라서 다른 이들은 이 개념을 “틈새의 신”(God of the gaps) 논증으로 여긴다. 이에 대해 특정화된 복잡성을 지지하는 이들은 우연이나 필연 같은 개념을 도입하는 것이야말로 “틈새의 자연주의”(Naturalism of the gaps)라고 반박한다. 그들에 따르면, 자연주의야말로 제대로 된 순차적 과정을 제시하지 못하기 때문이다. 문제는 결국 신이 세포의 창조에 개입했을 가능성을 열어두느냐인데, 이는 과학적 질문이 아니다. (4장_생명의 기원) 
종의 기원과 관련된 증거에 대한 두 번째 해석 틀은 비다윈주의적 진화다. 이 해석은 화석 기록상의 전체 패턴과 다양한 염색체상의 유사성을 공통 조상 개념으로 가장 잘 설명할 수 있다는 신다윈주의의 주장을 받아들이지만, 나머지 2가지 주요 주장, 즉 점진적인 진화와 변화의 주요 동력인 자연 선택 개념에는 의문을 제기한다. 이 해석은 화석 기록에서 보이는 도약을 있는 그대로 인정하는 대신, 그처럼 거의 즉각적인 형태 변형을 일으킬 수 있는 메커니즘이 무엇인지를 찾으려고 한다. 이 관점에 따르면, 자연 선택은 해당 상황에 알맞은 형태의 생명체가 생존하게 하는 메커니즘이기는 하지만, 그것이 변화를 일으키는 주요 인자는 아니다. 오히려 생명체 자체가 하나의 개체로 작용하여 자체 변화를 스스로 유도하든지, 아니면 신에 의해 유도되는 변화를 거치든지 한다. 이 관점을 지지하는 이들은 전에 언급했던 다윈주의에 반대하는 사람들과 인도된 진화를 지지하는 이들을 포함한다. (5장_종의 기원)