1898년 스코틀랜드에서 태어났고 글래스고 대학교, 프린스턴 신학교, 에든버러 대학교에서 공부했다. 이후 잠시 프린스턴 신학교에서 강사로 일한 후 웨스트민스터 신학교에서 조직신학 강사를 거쳐 조직신학 교수(1937-1966)를 역임했다. 프린스턴 시절에 그레샴 메이첸과 게할더스 보스의 가르침을 받았던 그는 20세기의 위대한 개혁주의 신학자로 꼽히는 인물로서 “그의 가장 큰 기여는 위대한 스승 게할더스 보스가 개척한 구속사적 접근을 계승하여 성경신학을 통해 이 유산을 지지하고 발전시킨 점”이라고 제임스 패커는 말한다.
성경신학적 조직신학의 개척자로 평가받기도 하는 존 머리는, 성경신학과 조직신학은 방법론에 차이가 있을 뿐 둘 다 반드시 성경적 신학이어야 한다고 주장하며 조직신학이 철저히 성경에 의존해야 한다는 것을 강조했다. 달리 말하면, 성경에 확고하게 뿌리를 두지 않는 조직신학은 올바른 열매를 맺을 수 없다는 것이다. 이러한 그의 신학적 입장은 『로마서 주석』에 매우 잘 드러난다.
『로마서 주석』은 존 머리의 대표작이다. 이 주석의 원출판사인 어드만사(Eerdmans)는 이 연구서의 학문적 가치를 높이 평가해 여전히 출판하고 있으며, 초판이 출간된 지 반세기가 지난 지금도 이 주석은 영어권에서 추천하는 최고의 로마서 주석 중 다섯 번째 안에 늘 포함되는 고전적인 책이다.
그 밖의 저서 중 국내에서 그를 알린 것으로는 『존 머레이 조직신학』(크리스찬다이제스트 역간), 『존 머레이 구속』(복있는 사람 역간), 『칼빈의 성경관과 주권사상』(CLC 역간)이 있다.