1911년 10월 4일 일본 야마구치현에서 태어났다. 교토대학교 의학부를 졸업하고, 1941년 세이로카 국제병원 내과의로 부임한 후 1951년 미국 에모리대학교에 유학했다. 1973년 재단법인 라이프 플래닝 센터를 창설, 1992년에는 세이로카 국제병원 원장에 취임했다. 이후 세이로카 국제병원 명예원장, 세이로카 국제대학 명예이사장을 역임했다.
2000년 ‘신노인의 모임’을 결성, 그간의 공적을 인정받아 2005년에 일본 문화훈장을 받았다. 2007년 일본 유니세프협회 대사에 취임했고, 2010년 코르차크 공로상을 수상했다. 그는 100세가 넘는 나이에도 저술을 했고, 일본 전역을 돌며 한 해 100회가 넘을 정도로 왕성한 강연 활동을 펼쳤다.
영화 <더 테너 라이브>의 실제 주인공인 우리나라 배재철 테너와의 인연으로도 잘 알려져 있다. 성악가로서 정점을 찍을 무렵 갑상선암 진단을 받고 목소리를 잃을 지경에 이른 배재철 테너에게 히노하라는 든든한 후원자 역할을 자처했다. 나이를 초월한 그 둘의 우정은 영화만큼이나 감동적이다.
히노하라는 1970년 일본 적군파 9명이 일본항공 비행기를 공중에서 납치한 ‘요도호 사건’ 당시 승객 인질 중 한 명이었다. 피랍 나흘 만에 간신히 풀려난 그는 이 사건을 계기로 “앞으로의 인생은 자신에게 새롭게 생긴 덤이라고 여기며 남을 위해 살겠다”는 다짐을 실천하며 많은 사람들에게 귀감을 보였다.
2017년 7월 18일, 105세 10개월의 나이로 숨을 거둘 때까지 많은 이들에게 살아가는 힘이 되고자 혼신을 다해 마지막 메시지를 남겼다. 《앞으로도 살아갈 당신에게》는 바로 그 메시지를 담은 책이다.
저서로는 《100세 시대를 살아갈 비결》, 《103세 현역 의사 히노하라, 건강과 행복을 말하다》, 《나이를 거꾸로 먹는 건강법》 등이 있다.