스코틀랜드 복음주의의 가장 위대한 증인들 중 한 사람인 헨리 스쿠걸은 1650년 6월, 패트릭 스쿠걸과 마가렛 웨스미 부부의 둘째 아들로 태어났다. 왕정복고 이후 20년 이상 애버딘의 주교로 봉직한 그의 아버지는 로버트 레이턴의 절친한 친구였으며 성결,겸손, 그리고 친절로 유명하였다.
유아시절부터 그의 아버지의 뜻에 따라 성전에서 하나님을 섬겼으며, 아버지는 철저하게 그를 영적으로 훈련시켰다. 어려서부터 스쿠걸은 신앙생활을 귀중하게 여겼고 어린아이들의 놀이를 멀리하였다. 그 도래의 아이들이 재미있게 노는 동안 스쿠걸은 독서, 묵상, 기도로 시간을 보냈다. 그가 특히 재미있어 했던 것은 구약의 역사서에 대한 연구였다. 그는 또한 설교를 듣고 노트에 적기를 좋아했다. 그는 설교의 전체 내용을 한 번에 파악하고 간략하게 기술하곤 하였다.

스쿠걸은 애버딘 대학교 킹스 칼리지를 졸업하고 철학 교수가 되었다. 4년 후 그는 목사 안수를 받고, 1년 간 목회한 후 애버딘 대학교 신학 교수가 되었다. 그는 5년간 가르치고, 1678년 6월 13일, 28세의 나이로 결핵으로 사망하였다.